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Le contrôle de la tuberculose est un problème constant dans le monde entier. Une nouvelle étude de Rossi et ses collègues montre comment la surveillance génomique et une connaissance approfondie du paysage à micro-échelle peuvent fournir des informations inestimables sur les politiques de contrôle efficaces pour s’attaquer à ce problème.

Comment émergent de nouveaux problèmes de pathogènes ? Les conditions locales ont-elles changé, rendant une épidémie plus probable ? Comment l’épidémie est-elle née et quelles en seront les conséquences ?

La résurgence dans de nombreux pays de Mycobactérie bovis, l’agent causal de la tuberculose bovine chez les bovins, rend ces questions d’actualité. Le contrôle de la tuberculose bovine (ou plus largement animale) s’est avéré très difficile, l’établissement dans la faune sauvage étant un coupable courant.

M. bovis fait partie du M. tuberculose complexe, et il peut infecter un certain nombre d’hôtes mammifères, y compris les blaireaux et les cerfs. Bien que zoonotique, dans les pays développés, ce risque a été réduit par la pasteurisation du lait destiné à la consommation humaine, mais il reste un risque de santé au travail pour les agriculteurs, les vétérinaires et les travailleurs des abattoirs, et un problème grave pour la santé animale et pour l’économie des zones rurales.

Comme pour de nombreux agents pathogènes multi-hôtes, les rôles des différentes espèces hôtes dans la propagation de la tuberculose bovine sont difficiles à quantifier, ce qui complique l’identification de bonnes approches de contrôle.

Les zones à haut risque de tuberculose bovine en Angleterre se trouvent principalement dans le sud-ouest et se sont régulièrement étendues depuis plus de quatre décennies. D’autres régions du pays sont considérées à faible risque. Ici, il n’y a que des foyers très limités qui ont été contrôlés par des tests et des abattages, sans preuve d’établissement dans des populations non bovines. Cependant, en 2014, une épidémie a été signalée dans l’Est-Cumbria (Nord de l’Angleterre), une zone qui n’est contiguë à aucune zone à haut risque.

Identifiée pour la première fois chez les bovins, l’infection a également été détectée en 2017 chez des blaireaux locaux, ce qui fait craindre un début de maladie endémique. Une question initiale critique était de savoir si l’épidémie était due ou non à l’expansion via les blaireaux, ce qui aurait impliqué une zone menacée beaucoup plus grande et impliquant potentiellement une expansion beaucoup plus rapide des blaireaux que prévu.

Une première découverte importante de notre travail a été l’identification d’une association étroite entre les séquences génétiques de l’East Cumbria M. bovis des échantillons de génome (c’est-à-dire les séquences d’ADN de bactéries prélevées sur des hôtes infectés) avec des isolats prélevés sur des bovins en Irlande du Nord, faisant de l’introduction à partir de bovins l’explication la plus probable.

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Arbre phylogénétique du génotype de M. bovis qui a provoqué l’épidémie dans l’Est de la Cumbrie. L’arc noir met en évidence les isolats de Cumbrie (à gauche) ; les autres isolats ont été échantillonnés en Irlande du Nord.

D’autres analyses visaient à démêler le rôle des blaireaux et du bétail dans les différentes phases de l’épidémie. S’il n’a pas été possible d’isoler le « cas 0 » (c’est-à-dire le premier animal infecté introduit dans la zone), les résultats ont indiqué deux phases principales pour le foyer : initialement, M. bovis circulation dans la population bovine locale avec peu de retombées potentielles, suivie d’une propagation dans la population de blaireaux, la transmission du blaireau aux bovins se produisant au plus rarement.

Le faible taux d’établissement chez les blaireaux indique qu’une surveillance plus proactive chez les bovins seuls pourrait atténuer le risque d’insurrection dans les zones à faible risque. S’il est soutenu par des mesures de biosécurité dans les fermes, cela pourrait limiter la propagation du bétail à la faune.

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La direction de transmission la plus probable parmi la population échantillonnée a été calculée en utilisant une combinaison de données génomiques et épidémiologiques.

Nous avons également montré comment la configuration des parcelles pouvait jouer un rôle non négligeable dans la propagation de la maladie en permettant des contacts infectieux potentiels qui, en considérant uniquement la situation géographique du bâtiment des fermes principales, seraient masqués. Preuve que la distance génétique entre M. bovis les échantillons étaient mieux expliqués lorsque l’inclusion du modèle de propriété des parcelles de terrain met en évidence l’importance des caractéristiques du paysage dans la définition des problèmes émergents.

Pour l’anecdote, ces dernières années, les fermes ont diminué en nombre mais ont augmenté en taille, avec des parcelles individuelles de pâturage absorbées par les opérations restantes, résultant en des fermes plus grandes avec du bétail déplacé entre des pâturages fragmentés. Notre conclusion est cohérente avec ces nouveaux modèles de gestion des terres contribuant au modèle d’épidémie de tuberculose bovine, suggérant que, pour produire des politiques de contrôle efficaces, il est nécessaire de les adapter au paysage écologique spécifique et aux pratiques d’élevage, autres que les populations de bétail et de faune sauvage, et leur interaction potentielle.

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Le paysage agricole de l’Est de la Cumbrie, avec des pâturages fragmentés bordant une végétation en jachère. Des signes d’activité de blaireaux sont visibles sur la droite.

Ces découvertes pourraient avoir des implications importantes pour la lutte contre la tuberculose bovine. Des processus tels que le changement climatique ou le reboisement peuvent modifier considérablement la structure et la densité des populations d’animaux sauvages, ainsi que leurs relations spatiales avec le bétail, modifiant ainsi le risque de maladies telles que la tuberculose bovine de s’établir dans de nouvelles zones. À mesure que le potentiel de propagation du bétail à la faune augmente, le risque d’infection endémique de nouvelles zones augmente également.

Tout en évitant les déplacements d’animaux potentiellement infectieux doit toujours être une priorité, les politiques de contrôle de la propagation de la tuberculose bovine doivent également prendre en compte la surveillance génomique, pour identifier rapidement l’origine et l’étendue des épidémies, ainsi que le risque de modifications du paysage à l’échelle locale.

Nos analyses suggèrent que dans ce cas, des facteurs liés au bétail (déplacements, configuration de l’élevage) ont joué un rôle dans l’établissement de cette épidémie. Bien que le résultat lui-même soit particulier à cette situation, notre analyse met en évidence à quel point l’analyse médico-légale d’ensembles de données génomiques détaillés peut être cruciale pour comprendre de telles épidémies et éclairer leur contrôle.

Lire l’article complet Analyse phylodynamique d’un émergent Mycobactérie bovis éclosion dans une zone sans aucune infection connue des animaux sauvages dans Journal d’écologie appliquée.


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